在《证券日报》的相关报道中，一位鲁女士称，饮用碧生源减肥茶之后，一天要多上几次厕所;王女士称她的朋友饮用后腹泻不止，“几乎住在厕所”;有曾经便秘的消费者反映，在饮用碧生源肠润茶后，产生了依赖性，停止服用之后便秘更加严重;甚至有消费者反映引用该产品后腹痛难忍，甚至便血。
2007年时，中山大学中山医学院的几名学生，做了一项名为“碧生源减肥茶减肥机理及副作用研究”的试验。试验内容为在7天内，向不同小鼠灌喂蒸馏水和碧生源减肥茶，并分析对比最终结果。
她们的试验结果是——与灌蒸馏水相比，灌碧生源减肥茶的减肥效果并不显著。服用碧生源减肥茶会造成腹泻，但高低剂量的减肥茶造成的腹泻情况并无显著差异。
对于上述质疑，碧生源表示，公司当前的广告不存在违规行为。同时，碧生源牌常润茶和碧生源牌减肥茶的安全性和功效性均通过国家药监局的认证，是卫生部、国家药监局正式审批的保健食品。两款产品所涉及原料均出自卫生部公布的《既是食品又是药品的物品名单》和《可用于保健食品的物品名单》，包括番泻叶在内的所有原料均在上述两个名单内。
有药监局内部人士认为：“碧生源是钻了食药监部门对保健品管理制度的空子。”按相关规定药监局对保健食品的广告只有监管权，却没有相应的处罚权，处罚权一般由当地工商部门进行，这中间往往出现空当，让部分违规发布广告的行为逃脱制裁。在监管方面，保健品也处于食品与药品中间的灰色地带。目前食品与药品安全问题层出不穷，监管部门对食品与药品都进行了史上最为严格的监察和管理力度，而处于二者中间的保健品，可能暂时还能得以游离于严格监管之外。
