改造流程
华为与IBM的合作项目——“IT策略与规划”（IT S & P）在1998年8月正式启动。项目的主要内容与核心目的是规划和设计华为未来3-5年需要开展的业务流程和所需的IT支持系统，由集成产品开发（IPD） 、集成供应链（ISC）、IT系统重整、财务四统一（财务制度和账目统一、编码统一、流程统一和监控统一）等8个项目。
在依靠低成本制造取得一定市场地位后华为意识到，产品成本不仅仅体现在制造成本层面。IBM顾问团队在1999年的调研报告中指出，华为的供应链管理水平与领先跨国公司相比存在很大差距：1）华为的订单及时交货率只有50%，行业领先跨国公司的平均水平为94%；2）华为的库存周转率只有3.6次/年，跨国公司平均为9.4次/年；3）华为的订单履行周期长达20~25天，跨国公司平均水平约为10天。IBM顾问指出，华为的供应链管理仅仅发挥了20%的效率，存在很大提升空间。
华为供应链管理效率的低下反映了中国制造企业的“通病”。尽管中国企业十分关注降低制造成本，但注意力却只集中在制造环节本身，而很少关注制造环节以外的成本与效率的问题，导致综合运营成本经常处于失控状态。
事实上，我们强调“链条对链条的竞争”理论的重要性，不仅仅是提示中国企业能够关注如何提升产业链控制力，更为重要的是提高“端对端的整合力”，即从原料采购到客户管理等各产业价值链环节中，中国企业该如何依靠自身的独特竞争优势来整合原材料、制造、渠道、品牌等资源。
华为在2000年引入IBM集成供应链管理（Integrated Supply Chain Management） ，对公司的组织结构进行了调整，成立了统一的供应链管理部，它包括生产制造、采购、客户服务和全球物流。
IPD在华为的实施很快引起了很大争议，也一度导致华为的市场反映速度明显放慢。任正非要求，“要先僵化、后优化、再固话，推进集成产品开发的实施。”最终，任正非强大的推动力和个人魅力让这个艰巨的流程变革项目不断推进实施，他始终相信，用最教条主义的方法来推进这次变革也许不是最完善的，但的确在华为是最有效的。任正非坚信：只有先将IBM的东西系统性地吸收进来，才能真正搞明白哪些适合华为，也才能够看清楚华为存在哪些需要改进的问题，再从整个企业环境角度将变革持续不断地推动下去。
当华为的业务流程变革在任正非的坚定推动下最终得到实施后，公司发生了许多明显的变化。如果说这种变化最初表现在华为内部的动荡，那么在2000年之后华为积极拓展全球业务时期，它对提升华为在产业价值链的上游（供应商）和下游（客户）的管理能力方面所表现出的全球对接性，则相对隐性了许多。或许，这种流程变革就像是一种行业的“世界语言”，当你掌握它的时候并不觉得有多么重要；而如果你不掌握它，则只能用一种原始的方式沟通。许多中国制造企业大多为跨国公司从事OEM生产，在任正非看来就是一种最简单的产业分工方式。
改造企业文化
在流程变革最艰难的1999－2000年间，IBM管理顾问对华为管理存在的问题做出了阶段性总结：华为没有时间把事情一次性做好，却有足够的时间将事情一做再做。华为公司等级森严，缺乏沟通文化，导致试图通过各种组织调整和会议来解决问题。很快，任正非意识到，华为过去赖以成功的企业文化中的某些因素现在变成了管理变革的阻碍。
任正非认为，管理变革的困难真正出现在“体用之争”层面。华为引入IBM的管理方法被看作是纯粹西方的现代管理理念，但公司内部的思维方式仍然是“中国式”的，或者说是“过去的华为式”的。这种“中学为体、西学为用”思维方式在员工层面形成了“体用割裂”的行为方式，这种看起来不符合规范的行为习惯解决起来非常困难。
不过，任正非同样反对“全盘西化”，他认为这是从一个极端走向另一个极端，与“中学为体、西学为用”一样，都不是也不可能是国际化的正确选择。在2000年，任正非提出了著名的“灰色理论”，这即使他哲学思维的体现，也是华为文化变革方向的概述：
灰色就是黑与白、是与非之间的地带；灰色的含义就是不走极端，在继承的基础上变革，在稳定的基础上创新，在坚持原则和适度灵活中处理企业中各种矛盾和悖论。
华为在2002年初对总监级以上的高级管理者进行了为期几天的封闭培训，邀请北京大学哲学系和中国社会科学院的8名学者讲授东方文化与哲学思想及新教伦理与资本主义精神等西方哲学思想。任正非希望借此开拓高层的视野，重塑他们的思维模式，为管理变革的深入推进打下思想基础。
任正非相信，日本、韩国等亚洲企业走向世界级的过程中，都曾经历过企业文化变革的痛苦历程，也曾经为跨越文化障碍交过高昂学费。因此，只有建立符合世界级企业需要的企业文化，华为的业务流程变革才能真正取得成功。
在选择自己的企业文化问题上，任正非强调东方智慧固然重要，但要实现华为的国际化，必须实现“道术合一”；华为要超越“体用之争”，把企业文化融入到制度才是企业文化传承的最佳方式。而这种企业文化与制度的融合过程本身就需要一种新的催化剂——人的职业化。
2000年起任正非有意识的减少表面“运动量”并逐渐淡出人们的视野，他不再像过去一样注重以“搞运动”的方式调动员工的工作热情，更多时候，他会谈论集成产品开发、集成供应链管理为重点的管理变革的意义和具体内容。“公司正在做的一切工作都是在稀释文化和情感的影响。”
