邓小平的南巡令杜导正感到振奋。他对徐庆全说：“咱们《炎黄春秋》要宣传邓小平改革开放的理论路线，苦点就苦点吧，过来先干吧。”彼时《炎黄春秋》初创不久，没钱，员工一个月的工资是80块，“我在学校一个月还拿115块呢。”但徐庆全考虑之后，还是离开了学校，正式成为《炎黄春秋》的一员。
吴思是在1997年加入的《炎黄春秋》。“我大学一毕业就分到《农民日报》，上司是徐孔。他退休以后，跟杜老一起办《炎黄春秋》。那时候我在家写书，写得正带劲，哪也不想去。他说过来帮帮忙，我就瞎答应了，答应了也没去。一个月之后，徐孔又来电话了，说你架子不小啊，叫你来你还不来。他训了我一通，我第二天就去报到了。”报到时，吴思第一次见到了杜导正完全不是“双枪李向阳”的形象啊。不久后，吴思的那本书也写出来了，起名《潜规则》这个他生造的词汇如今已成为现代汉语中的常用词汇。他希望“重新解释历史”，这也是《炎黄春秋》想要做的。
到《炎黄春秋》工作之后，徐庆全发现，杜导正对于邓小平的支持到了“个人崇拜”的地步，甚至于他给自己的小女儿选女婿的标准，就是看其对邓小平改革开放路线的看法。“《炎黄春秋》到现在为止，事实上一直是坚定站在邓小平改革开放路线这一边，坚决支持改革开放，从创刊到现在没有动摇过。这跟他本人也有很大的关系。”
杜导正的思路在2000年前后开始有了大的变化。他开始冷静客观地分析改革开放中出现的问题，认为中国实际上是跛足的改革,经济改革和政治改革没有同步。
他提出一个关于中国政治体制改革的形象化比喻：扭秧歌，“退三步进两步，退两步进一步。”
同时，《炎黄春秋》创刊20年，发表了许多有影响力的文章。
1994年，胡耀邦去世5周年。《炎黄春秋》在封二刊登了一首纪念胡耀邦的白话诗和一幅照片。从此之后，胡耀邦的名字在大陆媒体上不再是一个绝对不能提及的敏感词。
2005年11月，《炎黄春秋》发表了以《我们心中的耀邦》为题的一组文章，作者是14位老同志：田纪云、杜润生、任仲夷、于光远、李锐、阎明复、朱厚泽、吴江、李普、曾彦修、何方、龚育之、钟沛璋、杜导正。在随后的12月号上，继续刊载了胡启立的《我心中的耀邦》。这是老同志们发表文章最集中的一次。
2007年2月，谢韬在《炎黄春秋》上发表了《民主社会主义模式与中国前途》一文。这篇文章在民主社会主义理论的基础上，将马克思主义、当代西方世界的主流观念与中共的改革开放政策进行了整合，引起了广泛的讨论。
……
这些年中，杜导正个人发表的一些署名文章也很受瞩目。比如《民主也不能不急》和《民主不应有姓资姓社之分》。
20年来，大大小小的风波不断。杜导正现在仍是《炎黄春秋》杂志社社长，这殊为不易。在《炎黄春秋》20周年大会上，他说到所经历的历次风波时，情绪仍然有些激动。
回归新民主主义？
2008年春节后不久，薄一波的儿女和朋友在全国政协大礼堂举行了薄一波诞辰100周年纪念座谈会。作为山西定襄县蒋村的老乡，杜导正受到了邀请。杜导正在会上发表讲话，将中国共产党的成败概括成一句话：成也新民主主义，败也新民主主义。
杜导正写过一篇很长的文章《新民主主义的回归与发展》。他的基本思路是，新民主主义实际上就是社会主义初级阶段、是社会主义发展的必经阶段。“我们应该回到1949年制定的《共同纲领》。”他还记得，当年在晋察冀抗日根据地搞的就是新民主主义政治和经济。“那时候根据地搞得不错。我们的政权大体上是三三制，共产党、民主党派、爱国进步人士各占三分之一。经济上是个体经济，承认个人私有。根据地虽然穷，但很活跃。”
在星期三的编辑部会议上，《炎黄春秋》的成员讨论了最近由张木生的新书而引发的新民主主义话题。
张木生的新书《改造我们的文化历史观》对新民主主义进行了分析：“根据中共中央文献研究室所藏的原版毛著《新民主主义论》以及毛、刘、周共同领导制定的《共同纲领》和过去未全部公开的毛泽东在七大的讲话《论联合政府》，所谓新民主主义时代，就是在共产党的领导下，发展一百多年的资本主义，挤进先进国家的行列，然后才能发展社会主义。”
刘少奇之子刘源给张木生的书作了序，他写道：“要说共产党能够不投降，就因为有党内民主，有大量忠诚的党员善于反思：一次、再次地纠错，回到历史的基点；探索完善‘无产阶级解放条件的学说’，回到正确的原点；从失败的地方爬起，回到现实的起点；改造文化历史观，回到我们信仰的初衷。”
吴思被邀请参加新书发布会，他对张木生的观点提出了不同的意见。吴思觉得，党的领导机关的意志，须服从人民的意志，明确人民至上的原则，并把这项原则落实到各种政治制度之中。他引用了邓小平和毛泽东的话来说明自己的观点：“如邓小平所说，人民不是党的工具，党是人民在特定历史时期的工具。如毛泽东所说，让人民监督政府，才能走出历代兴亡循环 。”
在与张木生进行辩论之后，吴思跟杜导正说了这件事情。杜导正的答复是：“政策是好的，这是共识。这个理论是发展的，可以有新的解释，你认为怎么才能说好，就拿出你的解释来。”这话让吴思受到启发。“我再跟张木生他们讨论起这个问题时，就提出建议，我说新民主主义适应新的时代也应该有个升级版，以前是1.0版，可以在2.0版中拿出一个更让人信服的对未来的主张。”
《炎黄春秋》杂志社内部的观点并不一致。杨继绳、徐庆全等人就不太赞同又提“新民主主义”，他们觉得直接说“民主宪政”就好了，不要拐来拐去。
批评者认为，研究新民主主义跟康梁变法中托古改制似的，非得用孔夫子说过什么话作为自己应该怎么做的证据。“康梁的做法是可以理解的，你不托古就不好改制，改制的成本就高得多。当然，意识形态的建设和再创造本身就是有价值的，即使没有功利的目的，我们也应该有一个更确切的描述现实的意识形态。”这是吴思的观点。
