在打黑的问题上，王立军坚定的态度从未改变过，一位警方人士曾透露，在打黑开展之初的一个会议上，王立军就下定决心：“要以排山倒海之势，掀起一场风暴。”
随着打黑的深入，一批公安机关内部的“蛀虫”相继被挖出，原重庆市公安局副局长、市司法局局长文强、原公安局副局长彭长健等，相继在王立军整治下落马。
2009年10月，重庆市公安局刑侦总队负责打黑的一支队有多名警员被查出涉案，成为涉黑势力保护伞的“重灾区”。王立军非常愤慨：“打黑?打什么黑?比黑社会都黑!”
因警力紧张、“内鬼”众多，重庆武警借调约500名警力到打黑专案组，协助抓捕和看押涉案嫌犯。
有媒体曾描述过王立军主持公安局内部抓捕大会的情形：
会场武警全副武装，“杀气腾腾”。会上，点到谁就报谁的罪名：
“陈光明，女，重庆市公安局经侦总队总队长，犯有××罪，抓!”
“陈洪刚，男，重庆市公安局交通管理局局长，犯有××罪，抓!”
在这次会议上，共有六七人被抓。“都是当场点名，当场抓人。”
为肃清文强等人的旧部，重塑警方形象，王立军大张旗鼓进行内部改革。2010年3月初，重庆警方从副科到正处级干部，几乎全被就地免职，3528个岗位重新竞聘。这场被称为“大换血”的警界改革，惊动全国。
2010年4月14日，随着文强被执行死刑，重庆打黑基本结束。
因在打黑中工作出色，2010年2月28日，王立军被重庆市委、市政府授予“重庆市人民卫士”荣誉称号。同年6月，公安部充分肯定重庆市公安局在打黑除恶斗争中取得的辉煌成绩，并通报全国嘉奖。
打黑为王立军带来辉煌的同时，对其质疑的声音也如影随形，尤其在重庆警方以涉嫌伪证罪抓捕北京律师李庄后达到顶峰。
2009年12月10日，重庆市公安局以李庄在代理重庆龚刚模涉黑案中涉嫌伪证犯罪为由，对其立案侦查。12月12日，李庄被重庆警方羁押，2010年2月9日终审，以“辩护人伪造证据、妨害作证罪”被判处有期徒刑一年零六个月。
不少法学界人士和社会精英批评重庆警方在王立军执掌之下，容不得辩护律师对办案质量发表不同见解;且重庆打黑有“黑打”之嫌，妨害中国脆弱的法治生态。
政治仕途的“转型”
前后不过三年时间，王立军就从副局级官员，一路快速高升至副部级
除了警方内部进行“换血”，为展现市局机关民警的精、气、神和良好工作状态，王立军还要求直属单位民警在工作时间内除着警服外，便服也要统一着正装。
此外，王立军推动了重庆交巡警合一改革，让坐办公室的领导干部到街上巡逻。力图让重庆主城区每天有800至1000名交巡警在路上巡逻，任何一个地点出现状况，警察都可在3分钟内到达，出警、处置和施救能力达到欧美国家的警务水平。此举颇受百姓好评，他们反映“心里特别有安全感”。
反黑风暴中突出的表现加上对重庆警方优异的改造，让王立军的仕途更上一层楼。2011年1月14日，王立军被补选为第十一届全国人大代表。
当年3月6日，全国人大十一届三次会议期间，重庆团开放团组活动，王立军的发言成为代表审议环节的压轴节目。在不到十分钟的讲话中，他阐释了对于创新社会管理体制的见解，其迅捷的反应能力给人留下了深刻印象。
很快，王立军迎来了人生中最大的一次“飞跃”。
2011年5月27日，他获任重庆市副市长，并继续兼任重庆市公安局局长，分管公安、安全等工作。
调任重庆前后不过三年时间，王立军就从副局级官员，一路快速高升至副部级，达到了个人辉煌的顶点，但此后，他的政坛人生也因此迎来了变数。
2012年2月2日，重庆市官方宣布，副市长王立军不再兼任市公安局局长、党委书记。
对于王立军本人和重庆公安系统而言，这都是一个重大变化。作为重庆“唱红打黑”最显眼的新闻人物，王立军此次分工调整，是他自1984年从警以来首次脱离公安工作。在王立军的同学看来，“脱警”或许对王立军打击很大，“毕竟他十分热爱这个行业”。
但对此王立军却态度温和，情绪平静。他表示，每一项工作对自己而言都是新的挑战，也是很好的学习锻炼机会。
2月5日，王立军到重庆市教委、重庆师范大学调研。这是他分管教育后，首次对分管领域的公开调研。其间，王立军面色从容淡定，没有人想到他会在第二天驱车直奔美国领事馆。而这也成为他“休假”前最后一次公开露面。
2月7日，曾担任李庄助手的马晓军及其妻子韩会娟，状告重庆警方涉嫌非法限制其人身自由，且强迫其出具不同意为李庄案出庭作证的证明，甚至强迫其外出逛街、吃饭、看电影并摄像记录以试图表明他当时是“自由”的。不少民众也将此与王立军的工作调整相联系，猜测这次“转型”背后是否另有隐情?
双面王立军
有接近王立军的人士称，他作风“严厉”甚至“霸道”，但也有儒雅的一面
王立军“脱警”的真正原因目前还不得而知，而重庆官方也给予离开警界的王立军以高度评价，称其“政治立场坚定，宗旨意识和大局观念强，事业心和责任感强，坚持原则，敢于碰硬，处事公道，执法公正，要求自己严格，群众口碑好”。唯一的不足是“工作中有时要求急一些，批评人不太注意方式方法”。
对于工作中的“不足”，王立军的同事们深有体会，有接近王立军的人士称，他作风“严厉”甚至“霸道”，比如经常半夜给各派出所值班室打电话，如果没人接，第二天那个所长就会被叫去“收拾”。
一位重庆警方人士透露：“他做事雷厉风行，而且态度强硬，是个不按规矩出牌的人。从他任职到现在，不少警察被停职、反省，甚至刑拘。”
王立军上任后，重庆各(县)局、处级以上的领导干部每周都得工作五天以上，每天工作14个小时，部分警员也常处在高强度的工作状态中。警察受不了，家属也受不了，一些警察因为各种原因离开了队伍。
