可以说，铁道部从诞生开始，便不仅仅是一个行政或行业的主管部门，而是被赋予了国防建设的使命，属于国防体制的一部分。颇具讽刺意味的是，恰恰是这样的使命给予了其长期垄断最好的借口。
2008年十一届全国人代会上，便曾有将铁道部归入当时新设立的交通运输部的提议。但是，铁道部副部长陆东福解释说："铁路对中国有着包括国土开发、国防建设、维护国家民族统一的作用;而保留铁道部，则是从国家战略的需要考虑的。"于是，打破铁道部行政垄断的历史性时刻，又被拖后了5年。
"独立王国"建立：拥有自己的司法系统
实行半军事化管理的铁路部门，有自己的医院、幼儿园、学校、工厂，甚至公检法，许多铁路部门员工可以一生不出铁路系统。因而铁道部门长期以来也被指为"独立王国"。
许多专家对此的解释是，"独立王国"的形成既有铁路系统本身工作的特殊性，也与建国后照搬苏联模式有关。
原上海铁道大学副校长、同济大学教授孙章告诉IBTimes中文网，在当年硬件条件不具备的情况下，许多铁路沿线的工作人员面临远离中心城区，各种生活配套设施不完善的局面。"许多沿线小站的员工，他们的子女上学难，便需要铁路部门建立自己的学校。"事实上，早在民国时期，便已有铁路沿线员工子弟学校，时称扶轮公学。
而在这"独立王国"中，最引人诟病的是其独立的司法体制。中国的铁路司法系统起源于上世纪50年代初，是学习当时苏联的体制建立的。1953年，天津铁路沿线专门法院和天津铁路沿线专门检察署成立。这是全国铁路系统中设立的第一个铁路专门法院和铁路专门检察署。80年代初，按照铁路局的布局，全国设立三级铁路运输法院、检察院。这一改革是在铁道部原有公安系统的基础上，赋予了铁道部系统性的司法权力。至此，一个拥有自已司法体制的"独立王国"正式建立。
值得一提的是，1998年3月，原铁道部部长韩杼滨转任最高人民检察院检察长。孙章表示，一名前铁道部长在全国司法系统中担任最高职务，这在世界历史上都绝无仅有。
垄断地位成因：制度人为都有
对于这个"独立王国"长期的垄断地位何以至今才被打破，专家各有解释。比较全面的说法是，由于铁道部在历史上特殊的地位，加之其在计划经济体制下孕育出的一批既得利益集团，成为其改革的阻挠。
以铁路司法改革为例。虽然早在1987年4月，最高法院、最高检察院的一纸通知，就撤销了铁路运输高级法院和全国铁路运输检察院。但铁路运输中级法院、检察分院和各地基层院的改革，却一拖就是20多年。在公开的报道中，一位铁路法院人士曾表示，因为铁路线路太长，流动性大，有特殊性，如果地方检、法各管一段，会造成大动脉梗塞。
而在北京理工大学教授胡星斗看来，其原因在于：从铁道部门来看，握有独立司法权，在办理刑事案件和"涉铁"诉讼中占有极大便利，要拱手交出这块权力，难以割舍。铁路部门是一个"独立王国"，要其"拿出去"当然不愿意。
一直到2012年1月，铁路司法改制才有了重大突破。太原铁路检察机关全面移交地方，这是中国第一个铁路检察机关正式从铁路系统中剥离，也拉开了铁路司法改革的序幕。这一步，整整走了25年。
胡星斗向IBTimes中文网表示，铁道部门的长期垄断既有制度原因，也有人为原因。"铁路一直属于国防体制的一部分，也是中国计划经济没有被完全革除的遗留问题。"胡星斗说，"而在长期计划经济垄断的过程中，诞生了巨大的利益集团，给贪污腐败滋养了温床。"
中国社会科学院经济研究所副研究员、天则经济研究所研究员赵农也向IBTimes中文网表示，铁道部门之所以能长期垄断，一是由于其专业性强、具有先天的自然垄断特性，二是一直以来和国防军事结合在一起，三是既得利益集团势力顽强。
