据介绍，目前开征生态补偿费存在的问题是：缺乏中央政府协调机制，许多重要跨界流域和生态功能区的生态补偿机制无法建立，一般是上游地区反应强烈，下游尽量回避；对矿产资源开发的生态补偿问题，个别地方以收费或押金制度简单替代生态补偿机制，免除了开发者治理和恢复生态环境的责任。
鉴于生态补偿牵涉面广，矛盾复杂，环保部有关负责人建议，在国务院下设生态补偿委员会，负责仲裁有关纠纷，为重大决策提供咨询意见等。生态补偿工作量比较大的省市，可参照设置相应机构。
据介绍，一旦生态补偿条例制定生效，西部资源大省有望获得更多利益补偿，国家生态区和自然保护区以及河流下游地区均有望获得相应补偿。
