《意见》明确了政府、社会与个人的卫生投入责任。确立政府在提供公共卫生和基本医疗服务中的主导地位。公共卫生服务主要通过政府筹资，向城乡居民均等化提供。基本医疗服务由政府、社会和个人三方合理分担费用。特需医疗服务由个人直接付费或通过商业健康保险支付。
中国社会科学院财贸所副所长高培勇说，《意见》对政府卫生投入提出了更加明确的要求，不仅要加大投入力度，还提出要转变投入机制，保证卫生投入的绩效。
《意见》强调，中央政府和地方政府都要增加对卫生的投入，并兼顾供给方和需求方。逐步提高政府卫生投入占卫生总费用的比重，使居民个人基本医疗卫生费用负担有效减轻；政府卫生投入增长幅度要高于经常性财政支出的增长幅度，使政府卫生投入占经常性财政支出的比重逐步提高。新增政府卫生投入重点用于支持公共卫生、农村卫生、城市社区卫生和基本医疗保障。
在完善政府公共卫生投入机制方面，《意见》提出，专业公共卫生服务机构的人员经费、发展建设和业务经费由政府全额安排。政府负责其举办的乡镇卫生院、城市社区卫生服务中心（站）按国家规定核定的基本建设经费、设备购置经费、人员经费和其承担公共卫生服务的业务经费，使其正常运行。对包括社会力量举办的所有乡镇卫生院和城市社区卫生服务机构，各地都可采取购买服务等方式核定政府补助。
此外，《意见》还强调落实公立医院政府补助政策，并完善政府对基本医疗保障的投入机制。
中国人民大学财政金融学院教授朱青表示，《意见》虽强调政府主导，并不意味着排斥社会资本的介入。相反，《意见》明确提出要建立多元卫生投入机制，正是为了鼓励和引导社会资本发展医疗卫生事业，形成投资主体的多元化、投资方式多样化的办医体制。
