清洁生产作为华药打造环境友好型企业的重要手段，通过物料衡算、能量衡算、排污衡算掌握物质和能量流向，实现物料和能源在生产过程中的高效使用、梯级使用和循环使用，降低了单位产品的能耗、物耗和污染产生量。
近年，华药在积极引进环保新技术的同时，有针对性地实施技术自主研发，开发出适合高浓度制药废水的循环流AO工艺技术，减排效果显著，获华药科技进步奖，并申报了专利;华药环保所与哈尔滨工业大学等合作进行有机废水碳氮硫同步脱除新技术的开发，取得可喜成果，获得国家科技进步二等奖，为今后的减排工作提供更多途径。
抗生素药渣处置问题严重影响了制药行业的生存与发展，也使政府部门危险废物管理陷入困境，抗生素药渣(干基)中蛋白等有机物含量高达90%以上，如何能将其无害化、资源化，是华北制药力争突破的重点课题。
