其中提到节目中将猩猩幼年阶段带离母亲会妨碍其发育，而实际节目开始便提出两个猩猩是由于母亲无法母乳，动物园才将其进行特别人工豢养。另外国际动物保护组织对于动物养育和安全设施、保养维护等问题也提出质疑，甚至提到节目中艺人用令人反感的训练指令控制动物方法，影响动物正常生活。但《奇妙的朋友》制片人严典雅回应，所有的动物都得到最高水平的护理和饲养条件，娱乐性是因为剪辑，在前期绝对没有因为这些影响动物的生活，大家所看到的是饲养员工作的一部分内容。”
实际上关于动物的话题在国内一直都存在各种争议，至于该节目是否违反了野生动物保护法，在业内也存在多种声音。首先，有专家提到该节目是合法性节目，在节目录制中有动物园专家全程陪同并对艺人进行指导，艺人仅仅在很短的时间与动物接触，一旦示范有误动物园专业饲养员会进行改正。节目组根据国际动物保护组织的质疑也发表声明，表示：“每一个设置都没有违反关于动物的法律法规，保有很好的初衷，没有违背动物的生活习惯。”
很多明显莫须有的罪名及仅仅存在争议的话题，想要让《奇妙的朋友》就此被停播应该很难。何况大部分观众仍然认为该节目让老百姓更加了解野生动物，也看到明星为照顾动物做出的努力，节目不仅温馨还具有明显积极作用。
另外，《奇妙的朋友》还有两周便要收官，其实到现在尽管受到一些质疑和指责，对节目而言却无法造成致命的停播危险。
