2001年8月，北京21届世界大运会跳水比赛，清华队派出王睿竞逐女子跳台，单人赛教练是于芬，但双人赛要和国家队队员配对，于芬被排斥在教练名单外。与国家队协调未果，于芬不再妥协，王睿临时退出双人比赛，最终取得了单人冠军。
就在两个月之后，对清华队的致命打击到来了。2001年10月，1998年3月游泳中心专为清华队而设的双注册制，被游泳中心取消，这成了清华队和于芬命运的转折。
双注册制取消，使得注册在清华的队员不能再代表各省市参加国内各级别的比赛，注册在省市的队员也不能代表清华参赛。清华队与地方省市的关系一下紧张起来。这一年，后来获得雅典奥运会冠军的劳丽诗离开清华回到广东队。
也就是在2001年后，清华队的小队员开始在大赛中出人头地，“体教结合”模式渐成正果。周继红作为国家队的领队，此时开始征调清华跳水队的几位队员去国家队集训。
“悉尼奥运会之后，随着伏明霞、熊倪这些老队员退役，中国跳水队确实面临人才储备问题。”一位不愿公开姓名的资深跳水教练说。她介绍，2003年巴塞罗那世界游泳锦标赛，中国跳水队只获得8枚金牌中的3枚，特别是男子项目竟然被剃了光头。
国家队需要后备人才进行集中训练，而主张“体教结合”模式的清华，又不愿意自己培养出的一批新秀放弃学业，到国家队接受“军事化管理”，矛盾由此加剧。
“我到清华时，陈希明确告诉我，清华队员在高中之前原则上不休学集训，要一边学习一边训练，要不然就成专业队了，如果成了专业队，那么清华做实验就成了假的。”这批孩子当时大多10岁出头，还在读清华附小附中，而学习成绩都不错。
后来清华提出，上午在清华学习，下午去游泳中心训练，晚上再赶回清华复习功课，清华可以派车，周六周日则全天去游泳中心，于芬说：“游泳中心没有意见，但周继红拒绝，说不可以，如果清华这样分开学习和训练，各个省都提要求，国家队怎么集中管理？”
国家队从清华队直接上调运动员的计划就此搁置，而清华队参加各类国际比赛逐渐受到限制。2005年8月，土耳其世界大运会，清华上报的3人田亮、李成伟和教练于芬都被打回，中国队由郭晶晶领衔的人民大学队单独前往参赛。
众叛亲离
2003年以后，因双注册制取消，渐出成绩的清华队学员的注册问题越来越敏感，地方队抢注清华学生屡屡发生，有些孩子甚至不辞而别。
2004年初，林跃和王鑫突然出走清华。2005年3月，周吕鑫离开。2006年3月，何姿离开，6月，杨礼光离开。这些清华跳水队的苗子纷纷放弃此前签订的15年培训合同和在清华的学业，成为职业运动员，而最终的去向都是国家队，且不久便在世界大赛甚至奥运会上摘金夺银。
2005年初，清华起诉了“逃离清华”的王鑫的监护人，清华大学校长顾秉林在起诉书上签名。但法院判决合同解除，王鑫不必回清华；另据清华大学法学院一位参与了当时诉讼的学者介绍，由于培训合同并没有约定违约金的数额或计算方法，清华不能提供王鑫准确的违约金金额并给予证据支持，所以赔偿请求也被法院驳回。
“清华打官司是为了钱吗？不是的。”于芬说，“陈希主管体育时，帮清华体育部拉了些企业赞助，只要清华看中的，都是清华在付钱。然而清华高水平的运动员都退学进了国家队，到了国家队拿了成绩，却跟清华和于芬没有任何关系。”
此案并未阻止清华队员的继续流失。清华“体教结合”结出的果子大多被半途摘走，嫁接到了另一棵贴着国家标签的大树上。于芬说，国家队代表国家利益，天然高尚，“他们就是要把我塑造成一个自私自利、性格暴躁、不懂合作的人。”
随着学员出走的，还有助理教练的流失。于芬认为学员和教练的集中出走与国家队和周继红有密切的关系，“没人主使，不会这么集中”。她特别提及2004年底，清华跳水队助理教练的罢工行动。于芬的说法是，助理教练冯志文曾接到周继红打来的电话，随后冯便动员同事罢工，而清华队随即解聘了冯志文。记者找到现任广东跳水队教练的冯志文求证真相，但冯仅表示“现在是敏感时期，于芬怎么说由她去吧”。
于芬并不讳言除各省重金挖角之外，清华自身的漏洞也是教练员出走的重要原因。跳水队占清华编制的教练只有于芬，于芬说教练都是她招来的，她为他们的待遇多方努力过，但“清华队哪里是我于芬一个人说了算”。她也认为“现在清华队内部有些人和国家队串通一气，他们都想把我于芬赶走，最好出国，不要在中国混了，但他们不代表清华的主流”。
至于奖金，清华没有具体的奖励政策。现任湖北队教练的巩会江是于芬最早的助手，他曾表示，自己在清华队时只领过伏明霞悉尼奥运会金银牌的奖金2万余元。这笔钱，正就是于芬所领到的伏明霞13万奖金中的一部分，于芬称，自己再未从国家队获得奖金，所以助理教练们也再无奖金可分。
现在的清华跳水队，只有4名正式在编的学生运动员，而助理教练仅剩一人。“就是这最后一人，他们也想赶走他，清华队现在已经没有生存空间了。”积累已久的奖金问题及背后可能的经济腐败，只是于芬为清华队为自己寻找空间的一个突围方式，“如果这个事情不能有突破的话，我不敢说中国跳水完蛋，至少清华跳水队就完蛋了”。
体育寡头
清华队与国家队的矛盾常被归纳为于芬和周继红的个人矛盾，然而于芬认为，她和周并没有发生过直接的冲突，更多是不同理念和国家队的垄断所造成的。
于芬和周继红都曾是北京体育大学研究生冠军班的学员，2007年于芬获博士学位的论文是《对高水平学生运动员培养体系的探讨——清华大学跳水队实证研究》。而2005年，周继红获硕士学位的论文题目是《双人跳水比赛制胜因素解析与中国高水平运动员的训练实践》。
