为弄清真相，劫机者问靠近机身的男子“这是平壤吗？”，男子回答“是平壤”。劫机者进而追问朝鲜的五年计划是什么，被问者答不上来。劫机者进一步要求他们拿出大幅的金日成领袖的照片，韩国作为朝鲜的敌国当然没有这些照片，由此劫机者确信这些是伪装。
于是，劫机者要求立即起飞，但由于再启动已停止的引擎需要辅助的发动机等，韩国当局拒绝配合，这样一来，双方陷入僵局。4月1日凌晨，日本运输政务次官山村新治郎抵达金浦国际机场，在韩国相关官员的协助下与劫机者进行交涉。
“淀”号的副驾驶员将劫机者人数、位置、武器等状况写在纸杯上从舷窗扔下，掌握了劫机者大致状况的韩国当局准备用特种部队强行解救人质，但日本政府拒绝此建议。日本政府通过苏联及国际红十字会向朝鲜政府求援，希望在“淀”号到达朝鲜时能保护人质。对此朝鲜当局回复说，“基于人道主义，如果‘淀’号飞到朝鲜境内，会直接送返乘务人员及乘客”。
5.官员代替人质上飞机
1970年4月3日，日本运输政务次官山村新治郎决定代替乘客做人质，经过一番交涉，劫机者释放了剩余乘客以及4名空姐。下午6点5分，飞机再次起飞，越过北纬38度线进入朝鲜领空。机长在这个时候也没有拿到一份真正的地图，进入朝鲜领空后没有无线导航以及朝鲜空军的引导，只能大致朝平壤国际机场方向飞行。由于时近傍晚，机长只能凭肉眼辨别出一条小的航道，下午7点21分飞机着陆。实际上当时降落的并不是平壤国际机场，而是朝鲜战争时使用过的美林机场。
飞机着陆后，朝鲜方面要求劫机者解除武装，劫机者放下武器来到机外。后来，人们发现，他们使用的日本刀、手枪、炸弹等全是道具或仿制品。
1970年4月4日，朝鲜发表声明“从人道主义的观点出发返还机体及乘务人员”，此后，3名乘务人员及山村新治郎回国。对于劫机者，朝鲜以继续进行必要的调查为由，允许他们滞留朝鲜，这事暂告一段落。
6.日本要求引渡“赤军”回国
这9名参与劫机的“赤军派”成员是:田宫高麿、田中义三、小西隆裕、鱼本公博、吉田金太郎、冈本武、若林盛亮、赤木志郎、柴田泰弘。他们到朝鲜本来是为了说服金日成将朝鲜作为国际根据地，但到朝鲜后，据日本媒体称，他们“接受了朝鲜主体思想的洗脑，为金日成工作”，后来在朝鲜结婚生子。他们的妻子都是日本国内的“主体思想研究会”的女会员，双方先取得联络，征得她们的同意后，再让她们以出国旅游等名义秘密到朝鲜。冈本武到朝鲜后，因为在活动方针上与其他成员相对立，被作为政治犯隔离在强制收容所，后来朝鲜宣布冈本武夫妇在1988年因沙土塌方死亡，就冈本的死因日本方面曾提出异议。
参与劫机的9人中，现在还留在朝鲜的是小西、赤木、鱼本、若林4人。1988年5月，使用非法手段取得护照并潜伏在日本的柴田泰弘被逮捕。2000年，田中义三被日本从海外引渡并逮捕。田宫、冈本、吉田3人已在朝鲜死亡，朝鲜宣布田宫和吉田是病死。
从2001年开始，多名原“赤军派”成员的子女、妻子先后回到日本。2004年回国的两名“赤军”成员的妻子，在下飞机后被日本警方以涉嫌违反护照法逮捕，他们回国的进程暂时中断。由于日本将引渡“赤军”回国作为日朝关系正常化的前提之一，朝鲜中央广播2004年7月称，“赤军”成员希望能回到日本，朝鲜方面认为这是日本的内部事务，允许他们回国。2004年8月，日朝双方开始就移交尚在朝鲜的4名日本“赤军”劫机人员举行会谈。一直到今年8月，双方才取得本文开头所说的进展。
