从朱棣亲自拟就的《御制大报恩寺左碑》看，朱棣的想法里还是考虑到这里“佛缘”的。“辉焕一新，重造浮图，高壮坚丽，度越前代，更名为‘大报恩寺’，所以只灵迎贶，上资福于皇考皇妣……”此后，大报恩寺塔也是异象不断。如明孝宗朱佑樘去世后，17岁的朱厚照当了皇帝。朱厚照当皇帝头一年(公元1506年)，多年平安无事的大报恩寺塔出问题了，让雷击坏了。时朝臣建议立即予以大修，但此建议遭到反对，有人认为这是不祥征兆，有警告新皇帝的天意。《明史·曾鉴传》(卷185)记载了此事：“正德元年，雷震南京报恩寺塔，守备中官傅容请修之。鉴言天心示儆，不宜重兴土木以劳民力，乃止。”
谜团之三：囚犯参加修建报恩寺了吗？
报恩寺、塔的建设周期很长，工程量惊人，前后花了19年时间(一说16年)。朱棣在生前并没有看到此塔的建成，未报成恩，至他北征途中意外病死时，仍没有建好，一直到他孙子朱瞻基当皇帝的宣德六年(一说宣德三年)才完工。这么大的工程，需要的人力非同一般，据说共有十万人参与了建设。那么人都是从哪来的?一般说法是“征集军匠夫役”，即主要是两种人，一是士卒，二是民工。从《明史》所透露的情况看，在现场的士卒确实有不少，但不一定是劳力，而是维持劳动秩序和安全保卫事务的。这么多士卒在施工现场就有疑问了，难道怕工人跑了?民间传说，还真就是这么一回事情——报恩寺、塔为犯人所建。
