杨玉良认为，我国目前高等教育体系存在三大结构不合理现象，“学位教育在区域结构上不合理，不同地区的高等教育发展不平衡；学科领域结构不合理，不同学科招生培养数量差异较大；学术性学位和专业学位结构不合理，目前我国注重职业能力培养的专业学位仅占25%，未来目标是专业学位占到60%。”
杨玉良认为，针对地区发展不平衡，应该把学位授权单位的审批下放到地方。对于专业学位的培养，地方院校和行业院校可以承担更多功能。他表示，我国高校现有56所研究生院，随着地方院校研究生数量的不断增加，将来计划把研究生院扩展到100所左右，从而强化研究生教育管理，使得部属院校和地方院校形成合理科学的生态结构，各自找到适合的发展空间。
我国目前有300多所高校具有博士授予权，2007年我国已成为最大的博士授予权国家。（李雪林）
