马来西亚总理署部长称，外国船只可以自由航行但不得未经马方许可在该地锚泊，对于外国船只的"非法"捕捞和偷渡问题，马来西亚高度重视，将采取一切可能的手段保护和防御马来西亚水域。
琼台礁位于南海南沙群岛南康暗沙中部，原为暗礁，现已生长成一个低潮时高出水面十余米的小型岛，长170多米，宽大概20多米。最大高潮时也高出水面2--3米，长60来米，宽10多米，受涨落潮的影响，其面积会有几十平方米的波动，现在正变得越来越大。长约60米，宽约20米，是中国南端的重要领土。不过马来西亚政府也声称对该地拥有主权，原因在于该地区"富含油气资源"。
在与中国的领海争议问题上，马来西亚总体上采取了较为谨慎的态度。而越南、菲律宾则一直在高调抗议中国的扩张姿态。不过，据马来西亚一名高级外交官透露，去年中国接连两次在曾母暗沙进行海军演习，促使马来西亚改变了在南海问题上的交涉方针。
