在武器配备方面歼-31应该跟以往的歼-XX系列一样设有内置弹舱，通过图片分析，应该与F-35一样并不设在两侧，而是在飞机机体下方。而弹药舱的大小则存在争议，目前无法得知是否比F-35大。
认为歼-31内置弹舱比F-35大的理由是，歼-31采用是双引擎构造，因为双引擎构造的进气管道能够布置在机体两侧，在弹药舱设计上要比F-35更加自由。而另一方面中国网提出，歼-31的弹药舱较小的理由是歼31机身相较F-35更窄，应当无法达到F-35的舱体尺寸。(图为歼-31的右侧主翼)另外，中国电视节目中曾播出过主翼悬挂鹰击-82反舰导弹的模型图片。因此可以判定，该机的主翼下会有6个导弹挂架。
