第三层为末段拦截层，主要通过红旗-9B和红旗 -29等导弹进行末段拦截。
战略反导体系主要针对的是中远程弹道导弹，与战术反导体系有很大不同，后者主要针对的是国土防空安全，而前者则牵扯到大国之间复杂的核博弈，具有重大的战略意义。虽然我国奉行积极防御的国防战略，但是像之前公开的“陆基中段反导试验”目的主要是保护国土安全，并没有破坏大国之间的核平衡，与美国的陆基中段导弹防御系统(GMD)完全不同。
“红旗9“防空导弹系统
近年来，美国以所谓朝鲜导弹威胁为借口，千方百计欲在韩国部署末端高空区域防御系统(THAAD，萨德系统)，该系统若成功部署，对于中国弹道导弹也将构成一定威胁，可以说，在主要针对弹道导弹的战略反导领域，美国走在中国前面，并且对中国有很强的针对性。
“红旗9“防空导弹系统
而对于中国来说，面对周边潜在威胁，发展一定程度的中末端反导技术完全是防御性质，具有重大的现实意义。
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