针对有市场声音怀疑车船税是重复征税的质疑，国税总局在解读声明中称，我国目前对乘用车的所有人或管理人征收的税种主要有三个：车辆购置税、燃油消费税和车船税。其中，车辆购置税来源于车辆购置附加费，燃油消费税来源于养路费等收费，这两个税种都是通过费改税而来的，筹集的资金专门用于公路建设和养护。车船税属于财产税，是在保有环节征收的税种。新中国成立以来，车船税已有60年的征收历史，此次车船税立法不是新开征税种，只是立法。这三个税种各有侧重，功能不同，不存在重复征税或重复设置问题。
此外，有关部门同时对车船税是否普遍增加了纳税人负担做出回应，称《车船税法》对除乘用车之外的火车、客车和船舶（游艇除外）等，基本维持了原有税负水平，只做结构性调整。
