苟晓炳坚持称自己没有做过任何行贿的事情。几天后，泸西县人民检察院以“涉嫌行贿罪”为由，对他实施了刑事拘留。1997年10月13日，在被拘留三个多月后，该院又宣布以“涉嫌非法经营罪”，将其正式逮捕。

值得注意的一个细节是，非法经营罪在当时还是一条许多人都非常陌生的新罪名，因为确定该罪的新《刑法》13天前才刚刚开始实施。

指控“非法经营”，却判“投机倒把”

苟晓炳就自己被捕的这个理由向检察机关提出质疑：“按照相关法律规定，非法经营罪理应由公安机关的经侦部门来侦查，怎么现在却是检察机关直接来查和抓人呢？这是越权办案！”他的这一说法没得到理会，泸西县人民检察院在逮捕苟的同时，划扣了由苟晓炳代理的云岭厂在泸西县农村合作基金会的股金39．4万元，并查封了云岭厂的相关设备和产品。

1998年3月13日，泸西县人民检察院对苟晓炳提出公诉，认为其构成了非法经营罪，理由是其“未经有关主管部门批准，经营国家专营的农膜。”为证明这些农膜存在质量问题，公诉方出示了由云南省产品质量监督检验所出具的4份检验报告。但苟及其律师均当庭指出，该报告违反法定程序，检验结果值得怀疑。

经过审理，泸西县人民法院认为：被告人在“无生产及供货能力的前提下与泸烟公司签订合同，又与其他公司签订合同，并将购来的农膜倒卖给泸烟公司，其行为侵犯了国家对农膜的经营权，且产品质量不合格。这一系列作法，实属坑农行为，公诉机关指控的事实成立，但原定性不准。被告人苟晓炳构成投机倒把罪，判处有期徒刑三年缓刑五年，并处没收云岭厂存款39．4元、全套生产设备及已经卖出的商品上缴国库。”

几经周折，最终被宣告无罪

判决苟晓炳构成投机倒把罪的判决书于1999年7月13日作出后，即在当时云南的法学界激起了一些不同看法，因为根据判决书记载，这一判法的依据是1979版的《中华人民共和国刑法》，而在1997年10月1日开始实施新《刑法》中，该罪名早已不复存在。

对此不服的苟晓炳向红河州中级人民法院提起上诉。该院在查明所有事实的基本上，分析认为：云岭塑料厂经营的降解农用薄膜在使用中部分提前降解，是气候条件等客观因素的影响所致，而非苟晓炳的行为所致。苟晓炳受云岭塑料厂委托，代理该厂同泸烟公司等企业之间的业务，并非其个人行为，应属云岭塑料厂的单位行为。而本案中的降解农用地膜系通过科学技术成果鉴定，投放市场推广使用的科技产品，是新研制膜，属于中央和地方调控以外的、非统配的产品，因此，也不存在非法经营的问题。

2000年4月30日，红河州中级人民法院依法作出终审宣判：上诉人苟晓炳不构成犯罪。

该判立即遭到了案件公诉机关红河州人民检察院的抗议，该院迅速向云南省人民检察院提请抗诉。省检察院在审查后，于2001年5月22日《批复》称“不予抗诉。”

从法律程序上讲，至此，苟晓炳系被错捕错判的性质，就已经得到了最终的确认。随后，他开始向有关责任部门提出国家赔偿申请，但就在红河中院受理该申请后的几天，泸西县人民检察院和泸西县人民法院就联和要求红河州中院对案件进行再审。2002年11月27日，红河中院就此次作出《再审决定书》。备感委屈的苟晓炳再一次奔走呼号，案件引起中央和省有关部门重视，多位领导作出批示，要求尽快依法结案。

纠纷不断，身陷连环官司泥潭

就这样又一直拖到2003年年底，红河中院终于就此作出再审判决：原判所认定的事实清楚，证据确实充分，适用法律正确，审判程序合法，苟晓炳无罪。至此，他断断续续总共被无辜羁押了188天。而就在此期间，接踵而来的一系列民事官司和劳动仲裁案件，又让他陷入了连环官司的泥潭。

早在1999年，正当苟晓炳为自己被冤枉的刑事案件八方奔波之时，广西一家地膜生产企业就以云玲塑料厂供货商的身份，把云岭厂和苟晓炳告上法庭。2001年3月，红河中院审理查明：苟晓炳代理云岭科技塑料厂同北海生光厂签订了购销合同一份，该企业实际提供了312．4522吨农用地膜，但地膜提前降解，云玲塑料厂没有付完余款，因此，判决两被告予以支付。

由于提前降解事件发生后，司法机关查封了泸烟公司仓库中未出售的119吨降解膜，泸烟公司诉至红河中院，要求向云岭公司退货并收回货款。该院支持了这些诉讼请求，判决：云岭塑料厂应返还泸烟公司已付款400万经扣抵后的1586587元。

而由于在与父亲一起开办云岭塑料厂期间，苟晓炳仍然没离开自己的原单位泸烟公司，出于该公司与自己开办企业之间纠缠不休的经济纠纷，公司终止了他的劳动合同。于是，他又与自己原本的娘家走上了劳动仲裁和法院审判的对立两端。最终，法院判决支持解除其劳动合同，但同时公司应该补发其相应的工资等各种待遇。